而诸屯卫的士卒，准备迁移往辽东。诸屯卫有士卒和军余子弟一共二万余，加上家属等，一共有八万余人，怎么安顿这些百姓，是朱载坖和重臣们要考虑的问题。

赵锦在营州诸屯卫调查之后禀报朱载坖，诸屯卫的士卒基本上都是赤贫的状态，他们长期被各级军官所盘剥，根本没有什么积蓄，比流民好不到多少。

朝廷要想将他们迁移到辽东去，就要准备大量的物资，对于这点，朱载坖是早有准备，在和重臣们商量过之后，朱载坖决定，从太仓拨银八万两，凡迁移到辽东的，不分男女老幼，人给一两，从内承运库拨钱八万贯，也是不分男女老幼，人给一贯。

除了银钱之外，朱载坖命令遵化铁厂为这些军士们准备农具，户部准备种子、耕牛等物，用以支持军户们垦荒，同时还改变了军屯的起科规则，对于军屯，同样是五年免征，五年之后，照民田加一斗起科，减轻了军户们负担，同时这些去辽东的军士，男丁每人给田五十亩，老弱妇孺给田二十亩，不仅任其开垦，还要责令地方州县发给地契，以免再出现军官侵占军屯的事情。

军屯的钱粮征收，一样由辽东的地方官府负责征收，卫所军官只负责军事训练，在新收复的辽河河套，设立新民、辽中、定辽、台安四县，隶沈阳府，同时将大宁都司从保定迁往定辽县，负责辽河河套的防务。

同时为了增强新设立的大宁镇和大宁都司的实力，从辽东镇将广宁后卫和定辽后卫调归大宁都司管辖，从蓟镇调拨一个车炮营给大宁镇，用于加强大宁镇的实力。

而由于辽东苦寒，朱载坖以皇后的名义从内承运库出银，购买布匹和棉花，赏赐给这些士卒和他们的家人们，用以御寒，然后从兵仗、军器二局调拨兵器、甲胄给这些士卒们，补足他们在军器上的缺口，同时辽东镇和蓟镇也要对新成立的大宁镇予以帮扶。

对于新成立的大宁镇，最大的问题就是房屋，毕竟辽东苦寒，要是没有房屋的话，对于这些军户们来说就是要命的事情了，所以朱载坖命令辽东镇，砍伐木材，为大宁镇的军户们提供建造房屋的原料，朱载坖从内承运库支给银两，给伐木的辽东镇军事每月一两的补贴。

还有就是粮食的问题，开垦土地，不可能一时半会儿就有收获，经过户部的核算，每月需向大宁都司转运粮食二十四万石，才能维持这些军户们和调入大宁镇的军队基本的生存，最少要到他们有所产出之后，才能够停止对他们的供养，现在大宁都司人员还太少，而且主要的任务是将新收复的辽河河套消化掉，后勤给养主要由蓟辽两镇的辎重营负责。

朱载坖晓谕汪道昆和戚继光，从蓟镇和辽东镇各抽调一个辎重营，用于接济大宁镇，朝廷发运的物资，从天津直接运抵辽河河口，再由辎重营向大宁镇转运。

为了加强朝廷对于辽东的控制，朱载坖调原应天府尹方廉为辽东布政使兼辽东营田使，专门负责接应安顿从内地向辽东迁移军户和流民，保证他们能够在辽东生存下来。