对于赵贞吉的看法，理藩院署院事茅坤并不认同，他对朱载坖说道：“陛下，臣以为事涉宗系，于朝鲜为至重之事，于大明亦是如此，大明为天朝上国，理应辨明冤枉，若事情属实，可以安抚朝鲜，使之诚心归顺，若事不属实，则以明示朝鲜，以绝其望也！”

茅坤认为大明应该重视此事，将此事认真的查一查，若是属实，就应该予以改正，正好可以安抚朝鲜，若是朝鲜人编的，也好让朝鲜人不再纠缠此事了。

朱载坖认为茅坤说的确实是个办法，便命令翰林院、礼部、理藩院详查此事，将此事的来龙去脉搞清楚，由大学士陈以勤负责此事。

同时给朝鲜下旨，他们既要申诉所谓的宗系辩诬之事，就要向大明提供相应的证据来说明此事，同时令王锡爵在朝鲜就近调查此事。

很快翰林院就将皇明祖训上的有关朝鲜宗系问题的由来搞清楚了，并且条陈上疏到朱载坖的案头了，李成桂在正式篡夺高丽政权之前，先是拥立了一个傀儡恭让王，这引起了当时仍然忠于高丽的一些臣子的不满，两个高丽官员尹彝、李初逃到明朝，控诉恭让王非高丽王室子孙，而是李成桂的姻亲，在废立后图谋侵犯大明，又说李成桂是高丽已故权臣李仁任的儿子，希望大明能出兵讨伐。

虽然太祖皇帝并没有出兵，但是相信了这两个高丽臣子的话，认为李成桂是李仁任之子。

因为在太祖眼中，高丽也算是比较亲近大明的藩属了，朱元璋即位之后便遣使赐玺书，又送还高丽流人，向高丽表达和平诚意，高丽国王王颗也向大明朝贡，接受大明册封，奉明正朔。所以最开始太祖认为高丽人知经史，文物礼乐略似中国，非他邦比。

但是很快，高丽国内政局就发生动荡，亲元的李仁任弑君，另立国王，再次向大明请求册立，这导致了朱元璋的不满，朱元璋当即拒绝了李仁任的要求，并且说道：“其弑君已久，今始请谥，将假吾朝命，镇抚其民，且掩其弑逆之迹，不可许。”

由此大明和高丽的关系急转直下，李仁任等亲元势力膨胀，崔莹秉权后又有攻辽企图，洪武二十年，大明在辽东设置铁岭卫，激起了两国在辽东边界上的冲突，高丽国王停用洪武年号，恢复元朝冠服，命令崔莹、李成桂率军进攻辽东，李成桂认为不能和大明开战，于是发动兵变，弑君杀臣，先后立辛昌、 王瑶为王，李成桂掌控高丽大权。

在李成桂自立之后，一直采取依附大明的政策，但是太祖皇帝对于高丽四位国王连续被废被弑及李成桂在边界挑起的事端极为厌恶，虽然李成桂一再请求大明册封，但是终太祖一朝，对于朝鲜都是极为冷淡的。