1946年4月p;同时被捕的，还有苏联航空工业部长沙胡林、空军军事委员施马诺夫空军上将、空军副司令列平上将、空军装备采购总局局长谢列兹涅夫中将、中央委员会干部局处长布德尼科夫和格里高利扬等人。

诺维科夫被捕后，时任反间谍特别行动机构领导的阿巴库莫夫上将采用刑讯逼供、诱供，使用药物和麻醉品等手段，迫使诺维科夫等人承认所有的指控。

在严刑拷打之下，陷于绝望和精神崩溃的诺维科夫最终没有经受得了这种残酷的折磨，只好承认了所有的指控，并按照阿巴库莫夫的提示写了一些有损于马林科夫和朱可夫的书面材料。

诺维科夫最终以“玩忽职守，滥用职权”的罪名被判5年监禁，被送往一处位于阿克莫林斯克（今哈萨克斯坦首都阿斯塔纳）的古拉格服刑。

他的所有军衔、荣誉、勋章等各种奖励均被剥夺，其家人享有的所有福利（包括住房福利）都被取消，并被强制迁往阿克莫林斯克居住，所有活动都被限制，时时刻刻都受到内务部人员的监视。

本来，作为劳改犯的诺维科夫是要在古拉格里服苦役的，但在他到达阿克莫林斯克后，时任哈萨克斯坦党委第一书记的契尔年科在曼图洛夫的指示下，命令古拉格指挥官给诺维科夫一家留了较为舒适的单间，还给诺维科夫的家人安排了较好的工作。

至于诺维科夫本人，作为古拉格囚犯的他自然也需要像其他囚犯那样干一些不太体面的工作，但在曼图洛夫和契尔年科的关照下，他每天工作的时间会比别人少，从事的工作性质也比较轻松，每天工作完成后甚至还有时间和精力去写回忆录。

诺维科夫的被捕仅仅是一系列重头戏的开始，在他写下不利于马林科夫和朱可夫的书面材料后，一场针对朱可夫和马林科夫的“阴谋”从此开始。

1945年5月6日，时任苏共中央书记处书记的马林科夫因为“在担任国防委员会委员期间疏忽职守，纵容飞机粗制滥造的情况发生”而被解除了所有职务，被“发配”到乌兹别克斯坦主持一个大坝的修建工作。

他在中央书记处的所有职权都由曼图洛夫接管，他所领导的苏共中央人事厅也被拆分为7个不同的部门，分别负责行政机构、轻工业、重工业、机械制造业、贸易金融、农业和交通部门的干部编制，并统一受到苏共中央第三书记曼图洛夫的领导。

马林科夫被解职后，他的政治盟友贝利亚也被调任为苏共中央政治局对外事务委员会委员，并会在下次苏共中央委员会全体会议上补选为政治局正式委员，而他作为内务部部长的职位则由反间谍特别机构领导阿巴库莫夫接任，从此贝利亚失去了对国家安全部门的控制权，成为一名有名无实的政治局委员。

在这次“清算”中，以贝利亚为首的“格鲁吉亚黑帮”无疑是苏共高层中受到最大打击的派系，作为“黑帮老大”的贝利亚失去了对国家安全部门和肃反部门的控制权（虽然部门里还有不少忠于贝利亚的人），而“黑帮老二”马林科夫更是被贬到乌兹别克修大坝。

在老大和老二都受到严重打击的情况下，这个“帮派”的一些成员们已经开始寻找新的“靠山”，而以苏共中央第二书记日丹诺夫为首的“列宁格勒派”、以苏共中央第三书记曼图洛夫为首的“西伯利亚派”，还有由莫洛托夫、伏罗希洛夫、卡冈诺维奇等人所组成的“老近卫军”变成了这些人的投靠选择。