内阁也赞同杨博等人的观点，高拱就认为，吐鲁番、叶尔羌本系同源，都是东察合台汗国的后裔，他们现在虽然改信回教，但是他们终究是北虏，一旦叶尔羌将吐鲁番征服了，到时候叶尔羌汗国宣称自己是察合台汗国唯一,合法的继承人，率西域之众东征，要求恢复当年察合台汗国的故土，对于大明来说那可就不妙了。

所以高拱等阁臣的建议就是扶持吐鲁番，同时派遣使臣前往西域，调停叶尔羌和吐鲁番的纷争，给大明争取时间。朱载坖决定支持高拱等人的主张，介入西域事务，重振大明声威。

责成三边总制方逢时负责办理此事，还有就是马芳等参战将领的赏赐问题，朱载坖认为马芳、李成梁率军收复哈密，功在社稷，要予以赏赐，马芳由伯升侯，李成梁封伯，此举遭到了文官们反对，他们认为朱载坖即位以来对于武将的赏赐已经是过于丰厚了，现在马芳、李成梁又要重赏，他们当然不愿意了。

但是这次朱载坖并没有听从文官乃至于内阁的建议，朱载坖直接以中旨的形式下令，将马芳由丰州伯晋升为萝川侯，因为马芳是山西蔚州人，而蔚州古称萝川，故而以封马芳，李成梁封沙州伯，以表彰他们在克复哈密中所建功勋。

内阁在无法阻止朱载坖给马芳、李成梁封爵之后，转而提出建议，马芳已经五十六岁了，作为武将，经年作战，对于身体自然是极为不好的，现在马芳已经功成名就了，为了爱惜人才，内阁请求在京师为马芳建造宅邸，将其调回京师，保全马芳，在五军都督府任职即可。

朱载坖收到内阁的奏疏之后，不禁哑然失笑，内阁现在都明着搞了，朱载坖当然知道内阁的意思，就是要将马芳调回京师束之高阁限制起来，现在的五军都督府哪有什么实权，纯粹是勋臣养老的地方，马芳调回来的有什么用？

但是朱载坖考虑到马芳的年岁也确实不小了，调养一下也是应当的，于是下旨，沙州伯李成梁接替马芳担任提督陕西三边军务总兵官，大同镇总兵黑春暂代提督宣大山西军务总兵官，萝川侯马芳加左军都督府左督抚，少保兼太子太保、三千营总兵、协理国子武学事务大臣。

随马芳调回京师的还有三千精骑，朱载坖下令将这些马芳的亲兵直接编入三千营，成为京营的一部分，同时由俞大猷、马芳负责国子武学的事务，他们都是沙场宿将，朱载坖希望通过他们两人，为大明培养下一代的将帅。

除了这些事情之外，现在京城内外最关心的就是制科考试的事情，作为大明规格最高的考试，现在制科的第一阶段，也就是翰林院试已经完成了，一共有四十人通过了翰林院的考核，进入制科的阁试阶段。